توسعه تجارت گوهرها مستلزم استفاده از روش‌های نوین در شناسایی، تولید، فرآوری، بهسازی و تجارت گوهرها است. بدین منظور مرکز گوهرشناسی بخش مهمی از فعالیت خود را به تحقیق، حمایت و انجام طرح‌های پژوهشی مرتبط با کانی‌ها و سنگ‌های گرانبها اختصاص داده است. مرکز الویت‌های پژوهشی زیر را برای خود در نظر گرفته است:

- پژوهش در روش‌های نوین شناسایی گوهرها

- پژوهش در ساخت نمونه مصنوعی گوهرسنگ‌ها با توجه به پیشرفت‌های جهانی

- تحقیق درشناخت راهکارهای نوین در راستای افزایش صادرات غیرنفتی و توسعه صادرات سنگ‌های قیمتی و رونق صنعت جواهرات و گوهرسنگ‌ها

- ارئه روش‌های جدید در بخش اکتشاف و استخراج معادن به‌منظور حفظ منابع طبیعی واستخراج تخصصی گوهرسنگ‌ها

- ارزیابی و بررسی پتانسیل‌های معدنی کشور و بررسی‌های ژنتیکی برای پیجویی و توسعه معادن سنگ‌های قیمتی و نیمه قیمتی

- مطالعه و بررسی روش‌های بهسازی در جهت ایجاد ارزش افزوده گوهرسنگ‌های کشور از جمله عقیق و فیروزه

- طراحی و تولید دستگاه‌های مربوط به گوهرشناسی و علوم وابسته

-بررسی روش‌های نوین تراش و ساخت جواهر